Tras el asesinato de Atahualpa los familiares de
Huáscar se unirían a Francisco Pizarro junto con miles de hombres de etnias
opositoras a los incas, así fue recibido con honores Pizarro en el Cuzco y la
ciudad fue ocupada sin mediar batalla, luego el conquistador fundó la ciudad
de Lima. Al poco tiempo se suscitó la guerra civil entre los
conquistadores por el repartimiento de las encomiendas del nuevo
territorio. En 1542, se estableció el Virreinato del Perú, que en un comienzo
abarcó de iure un espacio geográfico desde lo que hoy
es Panamá hasta el extremo sur del continente.
El nuevo orden provocó un nuevo levantamiento
conocido como la rebelión de los encomenderos. En la década de
1570, el virrey Francisco de Toledo reorganizó el territorio
pacificando el país de las guerras intestinas y culminando con la resistencia
incaica. El Imperio español significó para el Perú una profunda
transformación social y económica. Se implantó un sistema mercantilista,
sostenido por la minería del oro y de la plata, principalmente,
de Potosí, el monopolio comercial y la explotación de la mano de obra
indígena bajo el trabajo forzado o mita.
A partir de fines del siglo XVII e inicios del
XVIII, la recaudación de la Corona se vio lentamente socavada por el
declive de la minería y la consecuente diversificación económica, así como por
el contrabando comercial. En este contexto, fueron impuestas las reformas
borbónicas, las cuales restaron poder político a la élite limeña y afectaron
económicamente al comercio interno, lo que produjo diversos levantamientos de
los cuales el de mayor repercusión fue la rebelión del descendiente de los
incas Túpac Amaru II; esta última llegó a poner en peligro el gobierno
virreinal en el Cuzco, pero al tomar tintes raciales contra
criollos indistintamente, precipitó su derrota.
Tras la muerte de Túpac Amaru, la cultura indígena
fue férreamente reprimida por las autoridades borbónicas y atrasaron los
proyectos emancipatorios dado el temor a nuevas asonadas contra la élite
peninsular y criolla. No cabe duda que el Cuzco era la ciudad principal de todo
el Tahuantinsuyo. Al tomarla los españoles, mermó significativamente la
resistencia inca, no sólo porque allí se encontraba toda la organización del
imperio, sino por el significado que tenía para los ejércitos incas ver su
capital tomada y dominada por los españoles.
Hay en dicha ciudad otros muchos
aposentos y grandezas; pasan por ambos lados dos ríos que nacen una legua (5,5
kilómetros) más arriba del y desde allí hasta que llegan a la ciudad y dos
leguas (11 kilómetros) más abajo, todos van enlosados para que el agua corra limpia
y clara y aunque crezca no se desborde; tienen sus puentes por lo que se entra
a la ciudad...
En el siglo XVIII, se llevaron a cabo varios
levantamientos indígenas en reacción a los abusos de los corregidores españoles, la falta de justicia, la demora en los reclamos,
y el cobro indebido de los tributos, donde destacan personajes como Juan
Santos Atahualpa, Túpac Amaru II y Túpac Catari. La rebelión de Túpac
Amaru II fue el levantamiento de mayor repercusión social y política de
esta época. El 4 de noviembre de 1780, Túpac Amaru II consiguió preparar un
movimiento revolucionario que puso en peligro el poder de la monarquía.
Esa noche tomó preso al corregidor Antonio Arriaga, a quien
lo obligó a entregar los fondos reales y luego lo mandó a ejecutar como castigo
de sus crueldades.
Luego, logró organizar un considerable ejército de
indígenas; en el Cuzco los corregidores cercanos se reunieron y organizaron
igualmente un ejército que partió en la búsqueda de Túpac Amaru. Ambos
ejércitos se encontraron en el pueblo de Sangarará, librándose una brutal y
sangrienta batalla de la que Túpac Amaru II salió triunfador. En el Cuzco, el
18 de mayo de 1781, fue sometido a un juicio y condenado a morir junto con los
demás cabecillas de la rebelión. Primero intentaron descuartizarlo, donde sus
extremidades fueron atadas a cuatro caballos, pero al fracasar, lo mandaron
a decapitar. Los levantamientos indígenas fueron controlados por la
monarquía española, pero estas influenciaron a futuras luchas independistas.
